Cụ thể là kinh phí hàng năm cho các trường đại học do bộ chủ quản phân phối sau khi bộ nhận ngân sách từ nhà nước. Các nhân sự quan trọng nhất của trường đại học, trong đó có hiệu trưởng, hiệu phó do bộ chủ quản bổ nhiệm và miễn nhiệm.
Bộ chủ quản có cơ chế kiểm soát trường trực thuộc về nhiều mặt và trường trực thuộc có trách nhiệm báo cáo việc thực hiện công việc với bộ chủ quản.
Điều này chưa đáp ứng được yêu cầu nêu lên trong Nghị quyết 14 năm 2005 của Chính phủ về đổi mới giáo dục đại học: “xóa bỏ cơ chế bộ chủ quản, xây dựng cơ chế đại diện sở hữu nhà nước đối với các cơ sở giáo dục đại học công lập”.
Giáo sư Lâm Quang Thiệp, nguyên Vụ trưởng vụ Giáo dục Đại học (Bộ Giáo dục và Đào tạo), cho rằng việc tồn tại cơ chế bộ chủ quản sẽ kìm hãm sự phát triển của các đại học công lập, là tác nhân gây ra sự trì trệ, ỉ lại, không có tự do học thuật.
Trường đại học không có quyền tự quyết định đối với nhiều vấn đề, điều đó làm cho sự đáp ứng đối với các biến động của thị trường thường không được nhanh nhạy, các trường khó thích nghi với thị trường.
