Nhà chức trách cho rằng trong quá trình Bộ Y tế tiếp nhận, thẩm định hồ sơ xin cấp Số đăng ký lưu hành Kít xét nghiệm cho Công ty Việt Á, Tổng giám đốc Việt Á Phan Quốc Việt đã tiếp cận ông Huỳnh.
Ông Huỳnh bị cáo buộc có hành vi lợi dụng vai trò là thư ký của ông Nguyễn Thanh Long (khi làm Thứ trưởng Thường trực Bộ Y tế) để "giới thiệu, can thiệp và tác động" đến ông Nguyễn Minh Tuấn, Vụ trưởng Trang Thiết bị & Công trình y tế (đã bị khởi tố). Từ đây, Số đăng ký lưu hành cho Công ty Việt Á được cấp trái quy định.
Việc bắt, khởi tố diễn ra trong bối cảnh Cục Cảnh sát điều tra tội phạm về tham nhũng, kinh tế, buôn lậu (C03, Bộ Công an) mở rộng điều tra sai phạm liên quan nâng khống giá kít xét nghiệm xảy ra ở Công ty Việt Á và nhiều bộ ngành, địa phương. Cùng lúc, các tỉnh, thành trên cả nước cũng đồng loạt thanh tra, điều tra việc mua sắm tại Sở Y tế, các bệnh viện và CDC liên quan Việt Á.
