Nguyên lý làm việc của hệ thống có thể tóm tắt như sau: Trái thanh long sau khi được làm sạch cuống và hốc trái được băng tải đưa vào thùng ngâm với kết cấu đặc biệt. Chiều dài thùng ngâm được tính toán đảm bảo trái đủ thời gian ngâm trong nước, giảm gãy “tai”. Sau đó, trái được vớt lên bằng xích tải rồi tiếp tục đi qua cụm vòi rửa sơ bộ bằng vòi cố định áp suất thấp.
Sau khi rửa sơ bộ, thanh long được đưa sang xích tải rửa, ở đây thanh long được rửa với áp suất cao với các cụm vòi động (gọi là cụm vòi quay thủy động). Các cụm vòi quay thủy động có thể quay quanh trục cố định 200 - 400 vòng/phút nên có khả năng quét vào những khe và mặt sau của tai trái mà các vòi cố định không thể phun tới, tốc độ quay tùy vào góc áp suất, lưu lượng vòi phun. Sau khi rửa xong, thanh long được làm khô bằng quạt cao áp trước khi đi qua băng tải phân loại và đóng gói. Đặc biệt hơn, chất bẩn sau khi rửa được lọc bằng hệ thống lọc tự động giúp giảm tối đa nhân công phục vụ máy và tăng được hiệu suất làm việc của máy.