Theo kết luận thanh tra, tại Yên Bái, đến hết năm 2019, còn 73 điểm mỏ nợ, chậm nộp tiền ký quỹ với tổng số tiền là hơn 45 tỷ đồng.
Tại Cao Bằng, đến thời điểm thanh tra (tháng 10/2018), các dự án khai thác khoáng sản còn nợ tiền ký quỹ cải tạo, phục hồi môi trường là 5 tỷ đồng. Ngoài ra, các doanh nghiệp còn nợ phí bảo vệ môi trường với số tiền 3 tỷ đồng.
Tại tỉnh Bắc Kạn, kết luận chỉ ra, các doanh nghiệp vẫn còn nợ 35 tỷ đồng phí bảo vệ môi trường.
Tại tỉnh Hà Giang, số tiền ký Quỹ Bảo vệ môi trường chưa nộp đủ của 26 dự án là 38 tỷ đồng; 17 dự án nợ phí bảo vệ môi trường với tổng số tiền 1,5 tỷ đồng. Thanh tra Chính phủ cũng cho biết, tỉnh Hà Giang có sai phạm khi sử dụng hơn 18 tỷ đồng từ nguồn thu Phí bảo vệ môi trường để hỗ trợ 7 công trình, dự án về thủy lợi, nhà lưu trí học sinh.
Tại tỉnh Lai Châu, trên địa bàn tỉnh vẫn còn 21 dự án không lập đề án cải tạo, phục hồi môi trường; 21 dự án không nộp, còn nợ tiền ký quỹ cải tạo, phục hồi môi trường; 7 dự án nợ phí bảo vệ môi trường với tổng số tiền hơn 47 tỷ đồng.
Tại Tuyên Quang, tại thời điểm thanh tra, việc để 24 dự án nợ tiền ký quỹ cải tạo, phục hồi môi trường với số tiền 4,1 tỷ đồng; 22 dự án còn nợ phí bảo vệ môi trường với số tiền 4,1 tỷ đồng. Việc sử dụng Quỹ bảo vệ môi trường của tỉnh còn chưa rõ ràng, cần rà soát lại…
Thanh tra Chính phủ cũng chỉ ra nhiều sai sót trong công tác lập dự án, quản lý khai thác khoáng sản trên địa bàn các tỉnh.
Đặc biệt, tại Cao Bằng, Thanh tra Chính phủ còn phát hiện có tình trạng UBND các huyện và Sở TN&MT để các đơn vị tự thuê, tự chuyển đổi hoặc chuyển nhượng đất trồng lúa của người dân để sử dụng vào hoạt động khoáng sản.
Dựa trên kết quả thanh tra, Thanh tra Chính phủ kiến nghị Thủ tướng Chính phủ chỉ đạo Chủ tịch UBND các tỉnh trên tổ chức kiểm điểm và chỉ đạo các cơ quan, tổ chức, đơn vị có liên quan kiểm điểm trách nhiệm của các tập thể, cá nhân qua các thời kỳ để xảy ra các tồn tại, khuyết điểm, sai phạm nêu tại kết luận thanh tra.
