Theo báo cáo nghiên cứu tiền khả thi trình Thủ tướng vào cuối năm 2002, tuyến metro số 1 Yên Viên- Ngọc Hồi có tổng mức đầu tư 9.197 tỷ đồng, được phân kỳ thành 3 giai đoạn. Đến năm 2004, thời điểm Dự án được Thủ tướng thông qua chủ trương và giao Bộ GTVT quyết định đầu tư, tổng mức đầu tư đã đội lên tới hơn 19.000 tỷ đồng.
Theo quyết định phê duyệt ban đầu, dự án phải hoàn thành vào năm 2017. Tuy nhiên, đến nay, dự án vẫn chưa được triển khai, và số vốn đầu tư dự kiến đã lên tới hơn 81.000 tỷ đồng. Báo cáo của Chính phủ cho biết nguyên nhân do nhiều khó khăn vướng mắc trong quá trình triển khai nên tiến độ thực hiện dự án đã bị chậm trễ và phải điều chỉnh.
Cụ thể, Dự án có quy mô lớn, tính chất kỹ thuật phức tạp, áp dụng công nghệ hiện đại và được đầu tư bằng nguồn vốn vay ODA, thường bị ràng buộc bởi các điều kiện vay trong quá trình đàm phán, ký kết Hiệp định nên công tác triển khai thường bị kéo dài hơn so với các dự án khác.
Chỉ xét riêng cho giai đoạn 1 điều chỉnh (khu tổ hợp Ngọc Hồi) dự kiến đến năm 2024 hoàn thành, trong khi việc GPMB thực hiện từ năm 2012 nhưng đến nay chưa hoàn thành. Lý do vốn đối ứng bố trí không đáp ứng nhu cầu. Từ năm 2009 đến 2017 dự án mới được bố trí 388 tỷ đồng, kế hoạch vốn trung hạn 2016-2020 được giao 512 tỷ đồng và mới được bổ sung thêm 1.000 tỷ đồng.
Được biết, mới đây Bộ GTVT đã kiến nghị Thủ tướng xem xét cho phép tạm thời điều chỉnh kế hoạch vốn đối ứng năm 2019 (phần còn lại chưa giải ngân) để thực hiện công tác GPMB của dự án giai đoạn 1 (Khu tổ hợp Ngọc Hồi) cho các dự án khác của ngành GTVT, nhằm đảm bảo kế hoạch giải ngân trong thời gian chờ Quốc hội có ý kiến về chủ trương thực hiện.
Ngoài ra, Bộ GTVT cũng kiến nghị Chính phủ giao Bộ tiếp tục là cơ quan chủ quản đầu tư đối với các hạng mục đường sắt quốc gia thuộc giai đoạn 1 (Khu tổ hợp Ngọc Hồi), nhằm hoàn trả chức năng của ga Hà Nội, ga Giáp Bát và một số khu chức năng cho các tuyến đường sắt quốc gia trong tương lai.
Các hạng mục còn lại thuộc Khu tổ hợp Ngọc Hồi (các khu chức năng, công trình liên quan đến đường sắt đô thị) và đoạn tuyến từ Ngọc Hồi đến Yên Viên, sẽ chuyển giao nhiệm vụ chủ quản đầu tư cho UBND TP.Hà Nội tiếp nhận để tiếp tục triển khai đảm bảo phù hợp với các quy định hiện hành.
