Theo đó, có 27/42 dự án sử dụng vốn vay ODA của Bộ GTVT tăng vốn hơn 122.350 tỷ đồng và gần 97,3 triệu USD. Trong số này, dự án nâng cấp tuyến đường sắt Hà Nội - TP HCM điều chỉnh vốn đầu tư 3 lần, tăng hơn 6.810 tỷ đồng, khoảng 275,6% so với tổng vốn ban đầu được duyệt. Dự án Thủy điện Huội Quảng cũng điều chỉnh 2 lần, tăng vốn gần 5.770 tỷ đồng. Dự án metro tuyến Bến Thành - Suối Tiên điều chỉnh tăng vốn xấp xỉ 29.940 tỷ...
Bên cạnh đó, nhiều dự án đàm phán, ký hiệp định vay vốn với các điều khoản ràng buộc bất lợi, dẫn tới phải chỉ định thầu cho nhà đầu tư nước ngoài. Dự án đường sắt đô thị Cát Linh - Hà Đông là điển hình, khi nhà thầu Trung Quốc được chỉ định thầu trị giá hơn 13.750 tỷ đồng, chiếm 77% tổng mức đầu tư.
Một số dự án sử dụng tư vấn quốc tế chi phí cao, như dự án đầu tư tuyến đường nối đường cao tốc Hà Nội - Hải Phòng và đường cao tốc Cầu Giẽ - Ninh Bình sử dụng tư vấn quốc tế với chi phí đắt gấp 8,5 lần tư vấn trong nước. Dự án đầu tư xây dựng cầu Vĩnh Thịnh gấp 7,8 lần; dự án đầu tư xây dựng tuyến Lộ Tẻ - Rạch Sỏi gấp 11 lần...
Đặc biệt có những dự án đàm phán nhiều điều khoản bất lợi trong hợp đồng như: Đường sắt đô thị Bến Thành - Suối Tiên giảm một nửa tỷ lệ thực hiện bảo lãnh hợp đồng, còn 5%. Cùng đó, dự án này cho phép nhà thầu đưa ra yêu cầu về chi phí khi gia hạn thời gian thực hiện hợp đồng, chấp thuận đơn giá nếu phải gia hạn tiến độ; ấn định khoản chi phí gián tiếp là 29% cho các hạng mục phát sinh, và chưa xem xét điều chỉnh các đơn giá dự thầu cao bất thường; chi phí tư vấn chung cao hơn mức trần theo hướng dẫn của JICA.
Theo Kiểm toán Nhà nước, hiện nay cũng chưa có các quy định cụ thể về mức lương và nhu cầu cần thiết thuê chuyên gia tư vấn nước ngoài, trong khi chi phí này rất lớn. Mức lương chi trả cho các chuyên gia nước ngoài 20.000 - 25.000 USD một tháng, gấp 10 lần chuyên gia trong nước. Tại nhiều dự tư vấn giám sát do bên tài trợ vốn chỉ định và phía Việt Nam không được thay thế. Do vậy, chi phí bị đội lên gấp nhiều lần.
