Cụ thể, ngày 12/5/2020, đại diện phía Tổng thầu EPC cho biết họ đang gặp khó khăn về nguồn vốn, đặc biệt là việc thanh toán cho các nhà sản xuất, nhà thầu phụ. EPC kiến nghị chủ đầu tư thanh toán 50 triệu USD trước khi vận hành thử toàn hệ thống và thanh lý toàn bộ trước khi bàn giao chính thức dự án. Đây là phần giá trị còn lại của hợp đồng, không phải là chi phí phát sinh thêm. Ban Quản lý dự án Đường sắt mới thanh toán cho tổng thầu 80% giá trị hợp đồng, phần còn lại khoảng 20%.
Tuy nhiên, yêu cầu trên của phía Tổng thầu là chưa phù hợp với các điều khoản của Hợp đồng, Ban Quản lý dự án Đường sắt sẽ chỉ thực hiện thanh toán theo đúng quy định của Hợp đồng và các quy định của pháp luật liên quan.
