Theo cáo trạng của VKSND Tối cao, những sai phạm xảy ra từ 8 năm trước có thể đã được khắc phục nếu ông Cường lúc đó là Cục trưởng Cục Quản lý Dược (Bộ Y tế) ra quyết định đình chỉ lưu hành, thu hồi, tiêu huỷ các loại thuốc giả, sau những cảnh báo liên tục từ các nhà chức trách.
H-Capita, một trong nhiều nhãn thuốc giả liên quan VN Pharma, được ông Cường, với tư cách Cục trưởng, ký các giấy phép lưu hành (visa) hồi năm 2009 và 2010.
Cục Quản lý Dược đã có những "nghi ngờ" từ ngày 19/9/2014, khi Chủ tịch VN Pharma Nguyễn Minh Hùng bị bắt. VN Pharma khi đó bị điều tra việc nhập lậu 9.300 lọ thuốc ung thư giả H- Capita từ công ty Helix Canada.
Khi đó, Cục Quản lý Dược gửi 2 công văn, đề nghị Đại sứ quán Canada tại Việt Nam xác minh thông tin về các công ty dược phẩm Canada có quan hệ làm ăn với VN Pharma.
Ngày 2/10 cùng năm, Cơ quan điều tra, Bộ Y tế Canada phản hồi Cục bằng 2 email, có cùng nội dung: Cả hai công ty Helix Canada và Health 2000 Canada "đều không sở hữu giấy phép sản xuất thuốc hợp lệ, không có bất kỳ sản phẩm nào có mã định danh sản phẩm thuốc hợp lệ".
Các công ty này không có bất kỳ sản phần nào được cấp phép lưu hành tại Canada.
Theo cáo trạng, bà Vũ Thị Hiệp, Phó phòng Đăng ký thuốc (Cục Quản lý Dược), đã in 2 email trên ra giấy và báo cáo Cục trưởng. Ông Cường không nêu quan điểm, chỉ bút phê vào các báo cáo này 6 chữ: "Cần có con dấu + chữ ký."
Hai ngày sau, 4/10/2014, bà Hiệp cùng 2 cán bộ của Cục Quản lý Dược đi dự hội nghị quốc tế về Dược tại Canada. Kết thúc chuyến công tác, bà gửi báo cáo cho ông Cường, đính kèm thông tin, địa chỉ của Cơ quan điều tra, Bộ Y tế Canada.
Ngày 31/10/2014, bà Hiệp lần thứ hai báo cáo ông Cường về phối hợp giữa Cục và phía Canada trong việc xác minh tình trạng pháp lý của các công ty dược Canada liên quan vụ thuốc lậu. Kèm theo phiếu trình là 2 công văn đề nghị xác minh của Cục Quản lý Dược Việt Nam và 2 email phản hồi từ cơ quan điều tra, Bộ Y tế Canada.
VKSND Tối cao xác định, khi nhận tài liệu này, ông Cường tiếp tục bút phê, nhấn mạnh thông điệp lần trước: "Tôi đã đề nghị cần có công văn chính thức - Đề nghị lưu hồ sơ báo cáo cơ quan chức năng khi có yêu cầu".
10 ngày sau, ông chỉ đạo cấp Phó ký Công văn gửi Cục An ninh Chính trị Nội bộ Bộ Công an (A83 nay là A03), nội dung đề nghị phối hợp xác minh thông tin về công ty dược Health 2000 Canada, một trong 2 "đối tác" bán thuốc giả cho VN Pharma.
Ngày 21/11/2014, A83 ban hành Công văn đóng dấu "Mật", gửi Cục trưởng Cường, đề nghị cung cấp tài liệu về các thuốc Health 2000 Canada được cấp visa trước đó để phục vụ điều tra vụ án VN Pharma buôn lậu thuốc chữa bệnh.
Theo cáo buộc của VKSND Tối cao, ông Cường không ra quyết định đình chỉ lưu hành, thu hồi số thuốc giả "dù nhận được nhiều nguồn thông tin cảnh báo".
4 loại thuốc giả (H2K Levofloxacin, H2K Ciprofloxacin, Kaderox-250 và MGP Moxinase-625) vẫn được cung cấp cho các đơn vị kinh doanh dược, cơ sở y tế để bán, sử dụng điều trị cho người bệnh.
Theo Thông tư 09/2010/TT của Bộ Y tế, trách nhiệm của các cơ quan trực thuộc trong công tác phòng chống thuốc giả là "tiếp nhận thông tin phản ánh từ mọi tổ chức, cá nhân có liên quan". Ông Cường bị quy kết không làm tròn trách nhiệm này.
Theo VKS "thiếu trách nhiệm hoặc động cơ cá nhân" và "ưu tiên không có lý do chính đáng" của ông Cường và các thuộc cấp tại Cục Quản lý Dược, đã cấp visa cho các nhãn thuốc giả này vào Việt Nam.