Theo quy hoạch, tuyến cao tốc Bắc - Nam phía Đông dài 2.063 km, đã đưa vào khai thác 478 km, đang đầu tư 829 km, còn lại 756 km chưa đầu tư.
Phạm vi đầu tư giai đoạn 2021-2025 chia thành 12 dự án thành phần có thể vận hành khai thác độc lập. Riêng 27 km còn lại đoạn Hòa Liên - Túy Loan triển khai theo dự án riêng và cầu Cần Thơ 2 đầu tư sau 2025.
Về quy mô, Chính phủ kiến nghị đầu tư phân kỳ theo quy mô 4 làn xe bề rộng nền đường 17 m, toàn bộ các yếu tố kỹ thuật khác đáp ứng tốc độ thiết kế 100 - 120 km/h.
Theo Kiểm toán Nhà nước chi phí cho dự án bình quân là 175,4 tỷ đồng/km, không tính chi phí giải phóng mặt bằng.
Theo đó, chi phí quản lý, tư vấn, chi phí khác trong sơ bộ tổng vốn đầu tư theo tờ trình của Chính phủ là 12,5% tổng chi phí xây lắp + thiết bị.
So với các dự án đầu tư công cùng quy mô 4 làn xe như dự án đường cao tốc Mỹ Thuận - Cần Thơ (giai đoạn 1) thì phần chi phí quản lý, tư vấn, chi phí khác chỉ khoảng 7% tổng chi phí xây lắp + thiết bị.
Nếu giảm chi phí này từ 12,5% xuống 7% thì vốn đầu tư 12 dự án cao tốc Bắc - Nam sẽ giảm khoảng 2.476 tỷ đồng.
Kiểm toán nhà nước cho rằng, chi phí dự phòng 12 dự án được nêu trong tờ trình của Chính phủ là không phù hợp.
Theo đó, so sánh về suất vốn đầu tư, 12 dự án cao tốc Bắc - Nam cao hơn khá nhiều các dự án đầu tư đường cao tốc giai đoạn 2017-2020.
Qua xem xét suất đầu tư các dự án, Kiểm toán Nhà nước xác định lại số liệu sơ bộ tổng mức đầu tư 756 km cao tốc Bắc - Nam phía Đông là 130.605 tỷ đồng. Trong đó, chi phí xây dựng là 89.111 tỷ đồng, giải phóng mặt bằng 19.097 tỷ đồng, quản lý dự án 6.036 tỷ đồng, dự phòng là 16.361 tỷ đồng.
Như vậy, con số Kiểm toán Nhà nước tính toán giảm 16.330 tỷ đồng so với dự kiến của Chính phủ, với suất đầu tư bình quân 152,9 tỷ đồng/km. Đây là số dự toán không bao gồm giải phóng mặt bằng.
Kiểm toán Nhà nước đề nghị Chính phủ chỉ đạo Bộ GTVT và cơ quan liên quan rà soát kỹ sơ bộ tổng vốn đầu tư của các dự án, tính khả thi của sơ bộ tổng vốn đầu tư.
Cụ thể là tham khảo số liệu tổng vốn đầu tư dự án cao tốc Mỹ Thuận - Cần Thơ giai đoạn 1 để bảo đảm khả năng cân đối nguồn vốn giai đoạn 2021-2025.