Theo kết luận điều tra của Tổng cục Hải quan, từ tháng 2/2017 - 8/2019, Thu Duc House đã mở hơn 500 tờ khai xuất khẩu, trị giá tính thuế là 5.286 tỷ đồng. Mặt hàng xuất khẩu là linh kiện điện tử xuất xứ chủ yếu từ Trung Quốc, Malaysia, Nhật Bản, Hàn Quốc, Đài Loan và Hồng Kông (Trung Quốc). Sau khi hoàn tất thủ tục xuất khẩu, Thuduc House làm thủ tục hoàn thuế VAT tại Cục thuế TPHCM với tổng số tiền 260 tỷ đồng từ tháng 2/2018 - 8/2019.
Cũng theo điều tra, năm 2012, Công ty Nhà Thủ Đức lập công ty con là Thuduc House Wood Trading, đồng thời mua các mặt hàng "linh kiện điện tử" từ công ty này để xuất khẩu. Thuduc House chỉ ký hợp đồng mua các linh kiện điện tử từ một công ty là Công ty An Lành Phát. Một số doanh nghiệp bán hàng cho Thuduc House không có tại địa chỉ đăng ký, thường xuyên thay đổi thông tin... Hàng mua được Thuduc House xuất khẩu cho các đối tác nước ngoài, không qua bất kỳ công đoạn sản xuất nào. Hải quan Hồng Kông và Campuchia xác nhận một số lô hàng mà hai doanh nghiệp này xuất cho đối tác không được nhập khẩu vào nước sở tại hoặc không có dữ liệu.
Trước các kết luận thanh tra của Tổng cục Thuế, Thuduc House nhiều lần bày tỏ quan điểm không đồng tình và đã nộp đơn khiếu nại. Ngày 26/1/2021, Cục Thuế TPHCM nhận được quyết định của TAND TPHCM áp dụng biện pháp khẩn cấp tạm thời về việc tạm đình chỉ thu hồi thuế. Do đó, Cục Thuế TPHCM đã lần thứ hai yêu cầu TAND TPHCM hủy áp dụng biện pháp khẩn cấp tạm thời để truy thu ngay 400 tỷ đồng tiền hoàn thuế của TDH. Tuy nhiên, tiền mặt của TDH hiện chỉ còn chưa đến 2 tỷ đồng.
Thông tin với báo chí, Cục Thuế TPHCM cho biết, TDH vi phạm nhiều quy định và chiếm đoạt tiền thuế VAT nên việc yêu cầu doanh nghiệp khắc phục hậu quả, thu hồi tiền hoàn thuế là đúng pháp luật. Đây là việc cần được làm ngay, đảm bảo lợi ích hợp pháp của thu ngân sách.
Báo cáo tài chính riêng quý 4/2020 của TDH ghi nhận giá trị tiền và tương đương tiền của công ty còn chưa đầy 2 tỷ đồng. Tổng tài sản công ty 3.600 tỷ đồng, nhưng chất lượng tài sản không được đánh giá cao. Các khoản phải thu ngắn hạn ghi nhận 710 tỷ đồng; hàng tồn kho 394 tỷ đồng. Tài sản dài hạn gồm có đầu tư tài chính vào công ty con, công ty liên kết 1.612 tỷ đồng; các khoản phải thu dài hạn 584 tỷ đồng.
Trong khi đó, phía nợ phải trả, TDH nợ người bán 190 tỷ đồng; nợ do mượn vốn và thu hộ tiền bán đất dự án Tocontap 611 tỷ đồng; nợ vay ngân hàng, cá nhân, bên liên quan 1.010 tỷ đồng.