Xung đột lợi ích thứ nhất chính là UBND cấp tỉnh, huyện vừa được quyền phê duyệt, thay đổi quy hoạch nhưng lại không chịu trách nhiệm giải trình về việc chậm công bố thông tin thay đổi, bổ sung quy hoạch. Thậm chí, việc lấy ý kiến của các bên cũng chỉ là hình thức dù đã được pháp luật quy định.
Theo quy định việc phê duyệt quy hoạch của một dự án đều có thời gian quy định để hỗ trợ cho chủ đầu tư rút ngắn thời gian xin các thủ tục hành chính, nhưng ở nhiều địa phương, việc phê duyệt này có thể kéo dài cả năm tới vài năm, ảnh hưởng rất lớn tới doanh nghiệp nhưng lại không có một cấp hay cơ quan chịu chế tài trước pháp luật về hành vi của mình.
Xung đột lợi ích thứ hai phải kể đến chính là các cơ quan chức năng vừa được quyền quyết định chuyển đổi mục đích sử dụng đất vừa được quyền lựa chọn nhà thầu phục vụ các dự án này.
Không chỉ có vậy, các cơ quan chuyên môn vừa được quyền phê duyệt thay đổi quy hoạch mục đích sử dụng đất vừa được phép thực hiện thay đổi quy hoạch. Hiện nay, việc điều chỉnh quy hoạch nhiều lần xảy ra ở khắp các tỉnh, thành, thế nhưng thời gian từ khi điều chỉnh quy hoạch cho tới khi thực thi quy hoạch điều chỉnh rất ngắn, có thể cùng nằm trong một nhiệm kỳ. Điều này dấy lên nghi vấn, liệu mâu thuẫn này có làm gia tăng các sai phạm do tư duy nhiệm kỳ ngắn hạn trong công tác quy hoạch và điều chỉnh quy hoạch hay không?
Tiếp đó, hiện nay, pháp luật đang thiếu vắng những quy định, cơ quan giám sát độc lập và trách nhiệm giải trình trong quyết định thay đổi quy hoạch. Đây cũng là một phần nguyên nhân dẫn tới tình trạng, các cơ quan chức năng đang không phải chịu trách nhiệm về việc kéo dài quy hoạch của các dự án khiến các doanh nghiệp bị ảnh hưởng nặng nề.
Xung đột lợi ích thứ năm chính là các cơ quan chức năng có liên quan đang vừa có quyền thay đổi giá trị tài nguyên đất, vừa quyết định giá, vừa được để lại nguồn thu 100% từ các quyết định này cho ngân sách địa phương để chi tiêu và đầu tư công. Nhiều chuyên gia chỉ ra rằng, xung đột này có thể tạo ra lỗ hổng thể chế không tốt, làm lãng phí tài nguyên đất, thúc đẩy phát triển ngoài quy hoạch nếu việc giám sát, quản lý đất đai tại địa phương đó không chặt chẽ và đủ minh bạch.
