Tên lửa Iskander-M có thể mang nhiều loại đầu đạn, có trọng lượng từ 480 đến 700 kg, có thể cấu hình với đầu đạn nổ mạnh, nhiệt áp, đầu đạn chùm hoặc đầu đạn hạt nhân. Tên lửa sử dụng phương pháp dẫn đường quán tính và tín hiệu vệ tinh GLONASS, đạt được sai số vòng tròn (CEP) từ 5 đến 7 mét.