Theo báo cáo của Bộ Công thương, một số nước ASEAN như Thái Lan, Indonesia, Malaysia, Philippines và các thành viên WTO khác như Mỹ, Nhật Bản, EU đã quan ngại về Nghị định 116 tạo thêm thủ tục, gây cản trở các doanh nghiệp trong quá trình xuất khẩu mặt hàng ô tô vào thị trường Việt Nam, cũng như vi phạm nguyên tắc đối xử quốc gia. Do đó, ô tô nhập khẩu có thời gian chững lại, nhưng nay đã tăng mạnh trở lại.
Hiện nay tương quan về sản lượng giữa xe sản xuất, lắp ráp trong nước và xe nhập khẩu trong trung và ngắn hạn thay đổi đáng kể theo chiều hướng tăng về số lượng xe sản xuất, lắp ráp. Tuy nhiên, ưu thế này sẽ không giữ được lâu nếu sản xuất trong nước không nỗ lực tăng cường chất lượng, hạ giá thành sản xuất để tăng tính cạnh tranh, nhất là việc cạnh tranh đối với xe nhập khẩu từ thị trường ASEAN do được ưu đãi thuế quan.
Vì vậy, Bộ Công thương đề nghị Thủ tướng Chính phủ giao Bộ Tài chính nghiên cứu, báo cáo đề ra các giải pháp cụ thể về chính sách thuế để phát triển ngành ô tô trong nước, đồng thời duy trì thực hiện Nghị định 116 để quản lý nhập khẩu ô tô hợp lý trong bối cảnh hội nhập ngày càng sâu rộng.
Cụ thể, Bộ Công Thương đề nghị hoàn thuế giá trị gia tăng trong vòng 3 tháng (không hoàn thuế theo phương thức khấu trừ như hiện nay) đối với máy móc thiết bị nhập khẩu tạo tài sản cố định... Đối với thuế tiêu thụ đặc biệt, không áp dụng đối với phần giá trị gia tăng tạo ra trong nước đối với sản xuất, lắp ráp ô tô (để giảm giá thành xe), kiến nghị điều chỉnh nâng thuế tiêu thụ đặc biệt đối với một số dòng xe. Điều chỉnh thuế nhập khẩu linh kiện, phụ tùng và nguyên phụ liệu phải nhỏ hơn thuế suất nhập khẩu sản phẩm hoàn chỉnh hoặc ở mức sàn theo các cam kết quốc tế ở từng hiệp định thương mại tự do.
Bộ Công Thương cũng đề xuất đối với dự án sản xuất, lắp ráp xe dưới 9 chỗ có quy mô 50.000 xe/năm, có sản phẩm xuất khẩu trong 5 năm, làm chủ công nghệ sản xuất động cơ - hộp số... thì được miễn tiền thuê đất, tiền sử dụng đất, hỗ trợ kinh phí chuyển giao công nghệ, hỗ trợ tín dụng đầu tư lãi suất thấp.
