Nguyên nhân do theo Luật quản lý thuế về việc hoàn thuế giá trị gia tăng đầu vào đối với dự án đầu tư, từ ngày 1/7/2016 đến năm 2017, Cục thuế Hà Nội đã hoàn cho VEC 9 đợt theo hình thức hoàn thuế trước kiểm tra sau. Tổng số tiền doanh nghiệp được hoàn là 949,7 tỷ đồng. Tuy nhiên, quá trình thanh tra sau hoàn thuế cho thấy VEC không đáp ứng đủ điều kiện để được hoàn thuế giá trị gia tăng đối với dự án đầu tư. Do đó, cơ quan này đã ban hành quyết định thu hồi tiền hoàn thuế 949,7 tỷ đồng đã hoàn trước đó, cộng với hơn 83 tỷ đồng tiền chậm nộp.