Trụ sở chính của VNX đặt tại Hà Nội. VNX có số vốn điều lệ 3.000 tỷ đồng, là công ty mẹ được tổ chức theo mô hình Công ty TNHH MTV do Nhà nước nắm giữ 100% vốn điều lệ.

Các công ty do VNX nắm giữ 100% vốn điều lệ tại thời điểm thành lập bao gồm: HNX và HOSE. VNX và các công ty con thực hiện đăng ký doanh nghiệp theo quy định tại Luật Doanh nghiệp.

Theo đó, HNX sẽ có nhiệm vụ tổ chức, vận hành thị trường chứng khoán phái sinh, thị trường giao dịch trái phiếu và thị trường giao dịch các loại chứng khoán khác theo quy định pháp luật. Trong khi đó, HOSE sẽ có nhiệm vụ tổ chức, vận hành thị trường giao dịch cổ phiếu và thị trường giao dịch các loại chứng khoán khác theo quy định của pháp luật.