Theo kết luật của Thanh tra Chính phủ, Dự án đã sai ngay từ công tác khảo sát lập, thẩm định, phê duyệt.
Quốc lộ 1A Đoạn Cầu Chui - Cầu Đuống, phố Ngô Gia Tự (Long Biên) có nhiều sai phạm, gây thất thoát ngân sách Nhà nước.
Cụ thể, năm 2014, Giám đốc Ban Quản lý dự án quận Long Biên phê duyệt bổ sung hạng mục dự án, dùng chi phí giải phóng mặt bằng chuyển vào chi phí xây dựng và điều chỉnh cơ cấu tổng mức đầu tư là trái thẩm quyền, vi phạm Khoản 2, Điều 7 Nghị định 112/2009/NĐ-CP về quản lý chi phí đầu tư xây dựng công trình. Trước đó, UBND TP Hà Nội đã điều chỉnh tổng mức đầu tư dự án tới 3 lần.
Thời gian thực hiện các gói thầu xây lắp đã hết hiệu lực thực hiện theo hợp đồng đã ký, nhưng chủ đầu tư không tiến hành gia hạn theo quy định.
Ngoài ra, công tác thẩm định, phê duyệt thiết kế bản vẽ thi công - dự toán công trình Dự án cũng có nhiều điểm vi phạm Luật Xây dựng 2013. Trong đó, thiết kế bản vẽ thi công không phù hợp với thiết kế kỹ thuật như: tốc độ, kết cấu áo đường, lớp mặt đường...
Một số chỉ tiêu thiết kế và chủng loại thiết bị điện chiếu sáng (đèn, cột điện, móng cột) trong các gói thầu không được thiết kế đồng bộ trên tuyến, dẫn đến trong quá trình thi công phải thay đổi và điều chỉnh thiết kế, dự toán. Việc tính chi phí thiết kế bản vẽ thi công không đúng định mức, gây thất thoát ngân sách Nhà nước 1,2 tỷ đồng.
Gói thầu tư vấn thiết kế bản vẽ thi công không có trong kế hoạch đấu thầu. Hơn nữa, chủ đầu tư đã tự ý chia nhỏ gói thầu tư vấn giám sát từ số 21 - 26 để chỉ định đấu thầu. Điều này là thiếu cạnh tranh trong đấu thầu.
Việc chủ đầu tư gọi thầu tư vấn khảo sát thiết kế bản vẽ thi công chia làm hai gói thầu (số 19 và số 20) để chỉ định thầu là vi phạm Luật Đấu thầu 2005, vi phạm Thông tư 02/2009/TT-BKH hướng dẫn kế hoạch đấu thầu.
Dự án cải tạo, nâng cấp Quốc lộ 1A đoạn Cầu chui - Cầu Đuống còn tồn tại nhiều sai phạm về tài chính, gây thất thoát hơn 22,8 tỷ đồng.
Chủ đầu tư và công ty thầu đã cố tính thay đổi biện pháp thi công, bản vẽ thiết kế, áp dụng định mức không đúng quy định ở nhiều gói thầu để hưởng chênh lệch hàng tỷ đồng.
Khoản tiền 11,5 tỷ đồng do chủ đầu tư điều chỉnh trượt giá vật liệu, nhân công, máy đã được thu hồi vào năm 2017.
