Cụ thể, tổng số kiến nghị xử qua thanh tra đạt hơn 13.400 tỷ đồng, cụ thể số thuế tăng thu qua thanh tra, kiểm tra là hơn 5.100 tỷ đồng, giảm khấu trừ là hơn 539 tỷ đồng, giảm lỗ hơn 7.700 tỷ đồng.

Tổng cục Thuế đã thanh tra tại một số doanh nghiệp như: Công ty TNHH nước giải khát Coca-Cola, truy thu và phạt hơn 821,4 tỷ đồng, hay Ngân hàng TNHH MTV Standard Chartered, qua đó truy thu và phạt 19,05 tỷ đồng.

Cục Thuế TPHCM cũng thanh tra chi nhánh Công ty TNHH Thiên Ngọc Minh Uy và truy thu, phạt 43,41 tỷ đồng; Công ty Dịch vụ vận tải Tâm Phát bị truy thu và phạt 20,8 tỷ đồng; Công ty Phú Hoàng Oanh bị truy thu và phạt 26,62 tỷ đồng, Công ty TNHH KONE Việt Nam bị truy thu và phạt gần 23 tỷ đồng.

Đặc biệt, Thanh tra Tổng cục Thuế cũng đã công bố kết quả vụ việc thanh tra hoạt động chuyển nhượng vốn của Công ty TNHH nhà máy bia Heineken Việt Nam, truy thu và phạt hơn 917,2 tỷ đồng.

Theo đó, từ cuối năm 2018, Công ty Heineken Asia Pacific Pte. Ltd (trụ sở tại Singapore) có ký hợp đồng chuyển nhượng vốn 100% cổ phần tại Công ty TNHH nhà máy bia Heineken Việt Nam - Hà Nội cho Công ty TNHH Nhà máy Bia Heineken Việt Nam. Giá trị giao dịch này lên đến hơn 4.800 tỷ đồng.

Phía Công ty TNHH Nhà máy Bia Heineken Việt Nam đã nộp tờ khai thuế thu nhập doanh nghiệp (nộp thay) từ giá trị chuyển nhượng nói trên là hơn 823 tỷ đồng. Tuy nhiên, Công ty Heineken Asia Pacific Pte. Ltd đã có văn bản gửi Cục thuế thành phố Hà Nội đề xuất được miễn, giảm số thuế này theo Hiệp định tránh đánh thuế hai lần giữa Chính phủ Việt Nam - Singapore.

Tuy nhiên, theo Hiệp định tránh đánh thuế hai lần giữa Việt Nam - Singapore và Luật Dân sự giá trị bất động sản trên tổng tài sản chuyển nhượng cao hơn 50% thì nghĩa vụ thuế phải thực hiện ở nước sở tại (tức là tại Việt Nam). Sau khi có kết luận thanh tra, Heineken Việt Nam đã điều chỉnh nộp 917,2 tỷ đồng tiền thuế vào ngân sách. Trong đó, số thuế chuyển nhượng là gần 823 tỷ đồng và phần còn lại là tiền chậm nộp của doanh nghiệp.