Theo Kiểm toán nhà nước, có một số đơn vị đầu tư không hiệu quả hoặc hiệu quả thấp như Công ty mẹ - Tổng Công ty Điện lực dầu khí Việt Nam (PVPower) với cổ tức, lợi nhuận được chia năm 2019 chỉ đạt 0,2% tổng vốn đầu tư. Công ty mẹ - Tổng Công ty Xây dựng Hà Nội (Hancorp) với 8/33 đơn vị có vốn góp lỗ năm 2019 là 289,05 tỷ đồng.
Một số dự án thua lỗ lớn được chỉ đích danh như Công ty mẹ - PTSC đầu tư vào Công ty TNHH Khảo sát Địa vật lý PTSC CGGV đã lỗ lũy kế 2.121 tỷ đồng (tính đến 31/12/2019). Công ty Cổ phần Dịch vụ Dầu khí Quảng Ngãi lỗ 240,71 tỷ đồng. Công ty TNHH MTV Khách sạn Dầu khí PTSC lỗ 17,46 tỷ đồng. Công ty mẹ - Handico đầu tư vào Công ty Cổ phần Kinh doanh và Phát triển nhà số 68 lỗ 60,99 tỷ đồng. Công ty mẹ - Tổng Công ty Địa ốc Sài Gòn với 1/5 công ty con năm 2019 lỗ 38,19 tỷ đồng.
Một số khoản đầu tư của tập đoàn, tổng công ty vào công ty liên kết, đầu tư dài hạn khác bị thua lỗ, mất vốn như Công ty mẹ - Tổng Công ty Địa ốc Sài Gòn với 7 công ty liên doanh, liên kết lỗ lũy kế 32,91 tỷ đồng; Công ty mẹ - Samco với 5 công ty liên doanh, liên kết lỗ lũy kế 194,96 tỷ đồng; Công ty mẹ - UDIC với 5 công ty liên doanh, liên kết lỗ lũy kế 288,7 tỷ đồng, 2 khoản đầu tư khác lỗ lũy kế 32,1 tỷ đồng; Công ty mẹ - PTSC với 1 công ty liên doanh, liên kết lỗ lũy kế 790,02 tỷ đồng, 1 khoản đầu tư khác lỗ lũy kế 77,56 tỷ đồng...
Kiểm toán Nhà nước còn chỉ ra nhiều đơn vị sử dụng đất sai mục đích, không hiệu quả như như PVOil 29,34ha; Tổng Công ty Địa ốc Sài Gòn 6,3ha; Sawaco 1,14ha; Hancorp 0,52ha... Sử dụng không đúng mục đích có Công ty Dịch vụ Điện lực miền Trung 0,14ha; PVOil 13,12ha; PTSC: 54/120 căn phòng tại số 284 Nguyễn An Ninh, Vũng Tàu.
Một số doanh nghiệp còn đầu tư bất động sản đã hoàn thành công tác xây dựng nhưng chưa bán, khai thác, chậm đưa vào khai thác làm giảm hiệu quả sử dụng vốn như Công ty mẹ - Tổng Công ty Địa ốc Sài Gòn tại Khu đất số 481 Bến Ba Đình, phường 9, quận 8 xây dựng hoàn thành chung cư từ năm 2010, đến nay còn 242/350 căn hộ để trống; khu đất số 339/34A Tô Hiến Thành, phường 12, quận 10 đến nay còn 119 căn hộ để trống từ năm 2013.
