Trẻ bị lồng ruột làm tắc nghẽn dòng máu nuôi ruột, dẫn đến nhiễm trùng, hoại tử ruột, thủng ruột.
Bệnh tay chân miệng có nhiều biến chứng nguy hiểm, đặc biệt là diễn biến rất nhanh trong vòng vài giờ.
Trong cơn co giật động kinh, người bệnh thường mất ý thức hoàn toàn, mất kiểm soát trương lực cơ và ngã đột ngột.