Bến xe được tổ chức không gian cảnh quan kiến trúc gồm: Nhà điều hành (cao 3 tầng) được bố trí ở khu vực trung tâm bến xe; nhà chờ cho xe khách và bãi đỗ các loại phương tiện giao thông công cộng; điểm đầu cuối xe buýt (cao 1 tầng). Bãi đỗ xe có bố trí mái che tại khu vực đón trả khách. Ngoài ra, còn có công trình dịch vụ thương mại cao 9 - 12 tầng được bố trí thấp dần về phía khu dân cư xã Uy Nỗ để hài hòa với cảnh quan hiện trạng.

Theo quy hoạch, Bến xe khách Đông Anh bố trí 148 chỗ đỗ xe, đảm nhận vai trò vận tải hành khách từ các tỉnh: Thái Nguyên, Bắc Kạn, Cao Bằng, Lạng Sơn vào trung tâm Hà Nội và điều tiết, hỗ trợ đảm nhận một phần lưu lượng vận tải từ các tỉnh: Vĩnh Phúc, Phú Thọ, Tuyên Quang, Hà Giang, Yên Bái, Lào Cai, Lai Châu.