Cụ thể, tại văn bản số 783/TTg-QHĐP ngày 23-6-2020, Thủ tướng Chính phủ Nguyễn Xuân Phúc đồng ý với đề nghị của UBND tỉnh Khánh Hòa và ý kiến của các Bộ: Xây dựng, Tư pháp, Kế hoạch và Đầu tư, Tài chính về việc tạm dừng chủ trương lập Quy hoạch tổng thể phát triển kinh tế - xã hội Đơn vị hành chính - kinh tế đặc biệt Bắc Vân Phong và điều chỉnh quy hoạch chung xây dựng Khu kinh tế Vân Phong (tỉnh Khánh Hòa).

Đối với việc triển khai lập Quy hoạch tổng thể phát triển kinh tế - xã hội Đơn vị hành chính - kinh tế đặc biệt Bắc Vân Phong, Thủ tướng đồng ý tạm dừng theo đề nghị của UBND tỉnh Khánh Hòa cho đến khi Luật Đơn vị hành chính - kinh tế đặc biệt được Quốc hội thông qua.

Bên cạnh đó, Thủ tướng yêu cầu UBND tỉnh Khánh Hòa khẩn trương tổ chức việc lập Quy hoạch tỉnh Khánh Hòa thời kỳ 2021 - 2030, tầm nhìn đến năm 2050 theo đúng Luật Quy hoạch năm 2017; Nghị quyết số 751/2019/UBTVQH14 ngày 16-8-2019 của Ủy ban Thường vụ Quốc hội và các văn bản pháp luật về quy hoạch; đồng thời tổ chức lập điều chỉnh Quy hoạch chung xây dựng Khu kinh tế Vân Phong bảo đảm đồng bộ, thống nhất với các quy hoạch có liên quan và quy định của pháp luật.

Trước đó, UBND tỉnh Khánh Hòa đã có văn bản báo cáo và đề nghị Thủ tướng Chính phủ xem xét cho phép tạm dừng việc lập Quy hoạch tổng thể phát triển kinh tế - xã hội Đơn vị hành chính - kinh tế đặc biệt Bắc Vân Phong cho đến khi Luật Đơn vị hành chính - kinh tế đặc biệt được Quốc hội thông qua.

Do Luật Đơn vị hành chính - kinh tế đặc biệt vẫn chưa được Quốc hội thông qua, nên quá trình triển khai lập quy hoạch khu vực Bắc Vân Phong theo định hướng đơn vị hành chính - kinh tế đặc biệt gặp nhiều khó khăn, vướng mắc khi chưa xác định được cơ sở pháp lý, trình tự thủ tục, nội dung quy hoạch, hội đồng thẩm định…

Theo dự kiến quy hoạch thì đặc khu kinh tế Bắc Vân Phong gồm: khu phi thuế quan rộng 920ha; các cơ sở, trung tâm công nghiệp ngoài khu phi thuế quan như khu vực sản xuất công nghiệp tập trung Dốc Đá Trắng quy mô 300ha. Bên cạnh đó còn nhiều khu vực khác.