Theo Luật, phân bón sản xuất trong nước và phân bón nhập khẩu đều không chịu thuế GTGT trong giá bán. Trong khi đó, doanh nghiệp sản xuất phân bón không được khấu trừ thuế GTGT của hàng hoá, dịch vụ mua vào.

Theo Hiệp hội Phân bón, các doanh nghiệp sản xuất phân bón, quy định trên khiến các doanh nghiệp sản xuất phân bón gặp khó khăn do không được kê khai, khấu trừ thuế GTGT nguyên vật liệu đầu vào, mà phải tính vào chi phí sản phẩm, khiến giá thành tăng và lợi nhuận giảm, bất lợi trong cạnh tranh với hàng hóa nhập khẩu cùng loại.

Do đó, chính sách thuế GTGT là cần thiết để hỗ trợ doanh nghiệp sản xuất phân bón phát triển, tăng sức cạnh tranh.