Theo Tổng cục Đường bộ Việt Nam (VEC), tuyến cao tốc Nội Bài – Lào Cai có 14 trạm thu phí theo hình thức thu phí kín, với hình thức vào lấy thẻ - ra trả tiền, theo thực tế số km sử dụng. Các tuyến cao tốc do VEC quản lý là các dự án do Ngân sách Nhà nước đầu tư và thu phí nhằm hoàn vốn cho Nhà nước.

Khi TP Hà Nội thực hiện giãn cách theo Chỉ thị 16/CT-TTg ngày 31/3/2020, VEC đã điều chỉnh đóng, dừng thu phí một số trạm để phòng chống dịch bệnh Covid-19.