Theo đó, Thủ tướng Chính phủ giao UBND tỉnh An Giang chủ trì, phối hợp với Đại học Quốc gia TP Hồ Chí Minh và các cơ quan liên quan chỉ đạo Trường ĐH An Giang tổ chức thực hiện bàn giao nhân sự, bộ máy tổ chức, tài chính tài sản cho Đại học Quốc gia TP Hồ Chí Minh quản lý, tổ chức hoạt động theo quy định của pháp luật hiện hành.
Trường ĐH An Giang được thành lập theo Quyết định số 241/1999/QĐ-TTg ngày 30/12/1999 của Thủ tướng Chính phủ và khai giảng năm học đầu tiên ngày 9/9/2000. Xây dựng trên cơ sở Trường CĐ Sư phạm An Giang, Trường ĐH An Giang là cơ sở đào tạo công lập trong hệ thống các trường đại học Việt Nam, chịu sự quản lý chuyên môn của Bộ GD-ĐT, đồng thời chịu sự quản lý trực tiếp của UBND tỉnh An Giang.
Trường có nhiệm vụ đào tạo trình độ đại học, phục vụ nhu cầu phát triển kinh tế - xã hội của tỉnh An Giang và khu vực Đồng bằng sông Cửu Long. Ngoài ra, trường còn có nhiệm vụ nghiên cứu, ứng dụng và chuyển giao công nghệ trong vùng.
