Theo đó Khu kinh tế Vân Phong có diện tích 150.000 ha, trong đó diện tích phần mặt nước khoảng 80.000 ha, phần đất liền và đảo khoảng 70.000 ha thuộc 2 huyện: Vạn Ninh và Ninh Hoà.
Mục tiêu của Quy hoạch nhằm xây dựng Khu kinh tế Vân Phong trở thành trung tâm kinh tế năng động phát triển ngành nghề mới, trình độ cao, trở thành vùng động lực phát triển, đô thị thông minh, bền vững, bản sắc và kết nối quốc tế.
Là trung tâm dịch vụ, du lịch biển quốc tế; là một cực tăng trưởng, trung tâm của khu vực duyên hải Nam Trung Bộ, Tây Nguyên về kinh tế biển, công nghiệp công nghệ cao, khoa học và công nghệ, đổi mới sáng tạo, đào tạo nguồn nhân lực và chăm sóc sức khoẻ chất lượng cao.
Khu kinh tế Vân Phong là khu kinh tế tổng hợp đa ngành, đa lĩnh vực có vai trò đầu tàu thu hút đầu tư và là động lực phát triển kinh tế cho các vùng lân cận và cho cả nước.
Trong đó kinh tế biển là nền tảng có cảng trung chuyển container quốc tế và dịch vụ logistic, đô thị, dịch vụ, du lịch, công nghiệp giữ vai trò quan trọng, kết hợp phát triển các ngành kinh tế khác.
Theo quy hoạch, các khu vực dịch vụ du lịch và đô thị du lịch sinh thái biển bao gồm phía Nam bán đảo Hòn Gốm và đảo Hòn Lớn, khu du lịch đảo Điệp Sơn, khu đô thị du lịch Tuần Lễ - Hòn Ngang - Mũi Đá Son, Đại Lãnh, Dốc Lết, Đông Nam Ninh Phước.
Khu sinh thái nông - lâm nghiệp và ngập mặn ở phía Tây đường sắt quốc gia Bắc - Nam, khu vực Lạc An. Rừng ngập mặn sẽ được trồng để tôn tạo cảnh quan và nâng cao giá trị sinh thái của các khu vực ngập mặn ven biển; trồng rừng, tôn tạo cảnh quan trên các khu vực núi thuộc chân dãy núi Hoa Sơn, bán đảo Hòn Gốm, đảo Hòn Lớn, núi Hòn Hèo, núi Ổ Gà...
Trung tâm bán đảo Hòn Gốm sẽ gắn với cảng trung chuyển quốc tế, dịch vụ và công nghiệp logistic, cảng du lịch. Các trung tâm công nghiệp, khu công nghiệp gồm Vạn Thắng, Dốc Đá Trắng, Ninh Thủy, Vạn Lương.
Các khu đô thị đa chức năng gồm Vĩnh Yên, Nam Tu Bông đến đèo Cổ Mã, khu vực Đại Lãnh, thị trấn Vạn Giã và vùng phụ cận, trung tâm thị xã Ninh Hòa, Dốc Lết và vùng phụ cận, Đông Bắc Ninh Hòa và Xóm Quán.
