Danh sách 5 cụm cảng hàng hóa gồm:
Cụm cảng trung tâm Hà Nội (đều ven sông Hồng)có các cảng Hà Nội, cảng Binh đoàn 11, Khuyến Lương (hiện có) và xây dựng mới cảng Thanh Trì tại quận Hoàng Mai.
Cụm cảng Bắc Hà Nội gồm cảng Bắc Hà Nội (khu vực Nhật Tân, huyện Đông Anh, sông Hồng) và cảng Đa Phúc (sông Công, huyện Sóc Sơn).
Cụm cảng Nam Hà Nội, gồm cảng Hồng Vân (sông Hồng, hiện có) và xây dựng mới cảng Vạn Điểm - Phú Xuyên (huyện Phú Xuyên), Gia Lâm, Bát Tràng (huyện Gia Lâm, sông Hồng), cảng Ba Thá, Tế Tiêu - Vân Đình (huyện Mỹ Đức, sông Đáy).
Cụm cảng Đông Hà Nội: xây dựng mới cảng Phù Đổng - Giang Biên, Mai Lâm, Đức Giang (sông Đáy, huyện Gia Lâm và Đông Anh).
Cụm cảng Tây Hà Nội: gồm cảng Sơn Tây, Chèm - Liên Mạc (hiện có) và xây dựng mới các cảng mới ven sông Hồng là Đường Lâm (TX. Sơn Tây), Hoàng Kim, Chu Phan (huyện Mê Linh), Hồng Hà (huyện Đan Phượng), Thượng Cát (quận Bắc Từ Liêm), Ba Vì (huyện Ba Vì).
Cảng thủy hành khách sẽ được xây mới hoàn toàn, gồm các cảng trên sông Hồng, Đuống, Công và Đáy dành cho cỡ tàu chở 100 ghế.
Quy hoạch chưa cho xác định đại điểm cụ thể xây dựng cảng thủy khách, nhưng dự tính nhu cầu sử dụng đất là 16,5 ha.
Được biết, đến nay Hà Nội chưa có cụm cảng thủy container và cảnh thủy hành khách. Các cảng thủy hàng hóa như cảng Hà Nội, Khuyến Lương... đều đã được xây dựng cách đây vài chục năm và hiện chủ yếu bốc dỡ vật liệu xây dựng.
Quy hoạch kết cấu hạ tầng đường thủy nội địa thời kỳ 2021-2030, tầm nhìn đến 2050 xác định Hà Nội nằm trên trục liên kết 3 hành lang: Quảng Ninh - Hải Phòng - Hà Nội, Hà Nội - Nam Định - Ninh Bình và Hà Nội - Việt Trì - Lào Cai.
