Long Đức Hoàng đế
Thất vọng, Bạch Xỉ bèn bí mật rút đội nghĩa quân Hòa Ninh, Vĩnh Lộc rời Hương Khê về lại Đại Hàm xây dựng căn cứ địa chiến đấu độc lập. Và ông tự quyết định lên ngôi lấy niên hiệu là Long Đức Hoàng đế cùng với 28 vị thủ hạ quanh ông.
Ông truyền hịch kêu gọi nhân dân lương cũng như giáo đoàn kết một lòng đứng lên đánh Pháp và thực hiện đúng ý chí của mình là bình Tây. Nhờ chủ trương đúng đắn đó, ông đã tập hợp được lực lượng giáo dân theo nghĩa quân giết giặc.
Về phía cụ Phan Đình Phùng, chắc chắn cụ cũng nhìn thấy điều đó. Nhưng cụ Phan mang quan niệm cô trung, tự mình không dám lên ngôi vua, bởi đó là bất trung và tiếm vị. Cụ Phan giữ chữ Trung, chịu phận làm tôi để giữ đạo lý nhà nho Trung quân ái quốc.
Cụ Phan không đồng ý với những đề xuất của Bạch Xỉ bởi nếu làm như vậy là bất trung, mặt khác cụ Phan cũng thấy Bạch Xỉ chưa đủ tài năng để chỉ huy các trận đánh.
Khi khởi quân ở Ninh Hòa, trong tay Bạch Xỉ đã có số quân, số vũ khí lương thảo nhưng ông không dám xuất quân đánh trận nào, không dám tự mình làm chủ tướng mà thâu quân đi các nơi nhập với các thủ lĩnh địa phương.
Như vậy, tự ông dừng lại ở tấm lòng yêu nước nhưng chưa có tài đánh giặc. Điển hình là khi ông giúp Hoàng Phúc lập được một số chiến công, nhưng rồi Hoàng Phúc bị tử trận, ông lại rút quân bản bộ của mình đi tìm cụ Phan Đình Phùng mà không thừa kế sự nghiệp của Hoàng Phú.
Những trận đánh oai hùng
Bạch Xỉ chủ yếu đánh du kích dùng phép nghi binh làm cho địch bất ngờ rơi vào nơi phục kích của nghĩa quân. Quân địch mở trận càn qua đèo Quy Hợp để tiến đánh Hương Khê.
Quân của Bạch Xỉ không phục kích ở đèo mà phục kích ở tả ngạn sông Ngàn Sâu gần bến đò Thanh Luyện cho phần lớn quân địch qua sông, số ít còn lại chờ đò, nghĩa quân ẩn nấp trong các lùm cây dùng cung nỏ bắn tới. Số quân lính trúng tên độc chết ngay, số còn lại bị nghĩa quân vây hãm. Khi số quân bên kia dùng đò quay lại để cứu viện thì bị nghĩa quân bắn thủng đò. Đò chìm, quân lính bị chết đuối rất nhiều.
Một trận khác, nhân ngày chợ phiên, một số lính khố xanh là cơ sở nội ứng rủ được tên thiếu úy Pháp cùng nhiều binh lính Pháp ra chợ phiên ăn uống no say. Lính trong đồn còn lại rất ít, Bạch Xỉ cho 50 nghĩa quân giả trang ập vào đồn, quân địch phản ứng không kịp bị tiêu diệt hết. Bạch Xỉ thu được súng đạn và rút quân về.
Sau khi cụ Phan thọ bệnh và qua đời, giặc Pháp tập trung truy quét nghĩa quân Hương Khê. Để đỡ đòn cho nghĩa quân Hương Khê, Bạch Xỉ kéo nghĩa quân của mình đi giải vây. Nhưng sức yếu quân lương cạn kiệt, Bạch Xỉ nhuốm bệnh sốt rét nên nghĩa quân bị bọn Pháp tấn công.
Quân Pháp từ đồn Linh Cảm tản ra bao vây lùng sục, tiêu diệt nghĩa quân ở vùng hữu ngạn sông San, căn cứ địa Đại Hàm, núi Quạt... Bạch Xỉ bị bắt, phó vệ Hoàng Hiểu đầu hàng giặc.
Chính vệ Nguyễn Ngọc Hiền cố gắng chống chọi với bệnh sốt rét, trực tiếp tổ chức một trận phục kích chống càn ở làng Hòa Duyệt hữu ngạn sông Ngàn Sâu tháng 9 năm 1896 diệt 17 tên khố xanh thu 4 khẩu súng. Đó là trận thắng cuối cùng của nghĩa quân Bạch Xỉ.
Như vậy, nghĩa quân Bạch Xỉ đã hoạt động 4 năm ở Quảng Bình và 8 năm trên đất Hà Tĩnh. Giá như trong thời gian đó nghĩa quân của cụ Phan và Bạch Xỉ biết phối hợp với nhau, bỏ qua những ý tưởng riêng đoàn kết với nhau thì biết đâu việc kháng chiến chống thực dân Pháp của hai ông sẽ đẩy thêm những trang sử hào hùng của dân tộc.
